长岛国家级自然保护区有“候乌旅站”之称，共计有候鸟230多种，其中，被列为国家重点保护的有丹顶鸡、白鹮、天鹅、白肩雕、全雕、秃鹫等41种，被列入中日候乌保护协定的有164种。

这里是中国三条主要的候乌迁徙路线中最为主要的一条，每年春秋两季，数以万计的候鸟成群结队地来岛上歌歇息觅食或就地繁殖，良好的自然环境和丰富的野生动物资源使长岛成为我国东部沿海研究鸟迁徙规律不可多得的基地之一。

1984年以来，长岛自然保护区就开始进行鸟类环志工作，为30多种鸟类，数万只个体戴上了环志，促进了鸟类资源的调查和保护，为保护区的建设提供了依据。